职务犯罪案件指定管辖
职务犯罪的重要特点就 是犯罪行为与其职务密切相关，而职务又以一定机关为依托，因此工作单位所在地就成为地区管辖的重要参照物，故《人民检察院刑事诉讼规则》第十五条规定：国 家工作人员职务犯罪案件，由犯罪嫌疑人工作单位所在地人民检察院管辖；如果由其他人民检察院管辖更为适宜的，可以由其他人民检察院管辖。这一立案侦查模式 虽然有利于开展侦查工作，但随着近些年反腐斗争形势的严峻，办案工作日益受到犯罪嫌疑人关系网的干扰，给案件的查处带来很大阻力。为了保证刑事诉讼的顺利 进行，克服和排除各种非法干扰因素，目前检察机关主要采取两种措施应对，一是整合侦查资源，不再局限于当地职务犯罪案件由当地检察机关的侦查人员查办，主 要是地市级检察院（有时是高检、省检）对所辖区域内的侦查人员统一调配使用；二是通过指定侦查管辖的形式，由不具有管辖权的异地检察机关立案侦查案件。
按照目前职务犯罪案件 侦查指挥机制，上级检察院将案件指定给不具有管辖权的下一级检察院立案查处时，并不需要事先通知同级法院，侦查部门也不需要事先通知公诉部门。等到案件侦 查终结向本院公诉部门移送审查起诉时，上一级检察院尚未与同级法院协商向下一级法院下达指定审判管辖的决定，因无上一级法院的指定管辖决定，检察院不能直 接将案件向同级法院起诉，同级法院也无权直接受理，这时公诉部门就必须将该案的具体情况向上一级公诉部门汇报，再由上一级检察机关公诉部门与同级法院刑事 审判部门协商，由上级法院指定下一级法院审判管辖；或者由同级法院先收下检察院起诉的案件，再向上一级法院汇报，待上级法院出具指定管辖决定后，法院才正 式受理检察机关的指控。
这两种做法需要协调的 关系复杂，涉及到上下级检察院之间、上下级法院之间、法院与检察院之间、检察院内部侦查部门与公诉部门之间多种关系的理顺，而诉讼期限又是法定的，并不因 此而延长，故往往导致案件在审查起诉阶段不能及时向法院起诉，或法院收案后不能及时受理，造成被告人在诉讼阶段被超期羁押，损害了被告人的合法权利，其根 源在于法律条文的原则性和滞后性，导致司法实践中无章可循。
